Gestion des données

Les traitements de cette boîte à outils sont en lien avec les bases de données BrainVISA. Ils permettent notamment d'importer des données dans une des bases de données BrainVISA configurées. La première chose à faire est la Création ou configuration de bases de données BrainVISA. Vous pouvez alors utiliser un des traitements d'importation pour placer vos données dans la base. Il n'est pas obligatoire d'utiliser une base de donnée avec BrainVISA mais c'est fortement recommandé

Qu'est-ce qu'une base de donnée BrainVISA ?

L'organisation des données est un point important dans la compréhension et la prise en main de BrainVISA. En effet, BrainVISA a été conçu pour permettre une utilisation simplifiée d'outils de neuroimagerie issus de différents laboratoires et pouvant combiner des données issues de plusieurs modalités d'acquisition (IRMa, IRMf, IRMd, EEG/MEG, PET, etc.). Les interactions entre ces outils et les différentes modalités ont été rendues possibles grâce à un système d'organistion des données. Afin de rester compatible avec les logiciels existants, BrainVISA s'appuie principalement sur l'organisation des fichiers et des répertoires pour construire une base de données.

Un répertoire est une base de donnée BrainVISA si la structure de ses sous-répertoires et les noms des fichiers dans ce répertoire respectent un ensemble de règles. Ces règles permettent à BrainVISA de parcourir l'ensemble du contenu du répertoire de données et d'identifier sans ambiguïté les éléments composant la base de donnée. Ces éléments sont composés des informations suivantes :

Type de donnée : identifie le contenu d'une donnée (image, maillage, image fonctionnelle, IRM anatomique, etc.). Les types sont organisés en hiérarchie permettant de décliner un type générique en plusieurs types plus spécialisés. Par exemple, il existe le type Image 4D qui est spécialisé en Image 3D (en effet, une image tridimensionnelle est un cas particulier d'une image à quatre dimensions) ; le type Image 3D est lui-même décliné en plusieurs types dont IRM T1 et Masque du cerveau
Format de fichier : Représente le format de fichier utilisé pour enregistrer une donnée. BrainVISA est capable de reconnaître plusieurs formats de fichier (par exemple DICOM, Analyse/SPM, GIS, etc.). Il est possible d'ajouter de nouveaux formats de données et de fournir des convertisseurs pour permettre aux traitements existants d'utiliser ces nouveaux formats.
Fichiers : Contient le ou les noms des fichiers utilisés pour enregistrer la donnée. Il s'agit d'une liste de fichiers car certains formats utilisent plusieurs fichiers pour stocker les données.
Attributs : Un attribut est une association entre un nom et une valeur. Un ensemble d'attributs est associé à chaque élément d'une base de donnée BrainVISA. Cet ensemble représente toutes les caractéristiques d'une donnée (comme la taille d'une image, le centre dans lequel a été acquise la donnée ou les paramètres d'acquisition de la donnée). Les valeurs des attributs sont positionnées par BrainVISA lors du parcours du répertoire de base de données.

Il est possible de définir complètement l'ensemble des règles qui permettent à BrainVISA de parcourir un répertoire pour construire une base de données. Cela permet l'utilisation de BrainVISA sans avoir à modifier une organisation de fichiers déjà en place. Cependant, l'écriture d'un tel système de règles nécessite un investissement important dans l'étude du fonctionnement de BrainVISA. C'est pourquoi BrainVISA est fourni avec un système de règles par défaut qui régit l'organisation des données. Ce système d'organisation est donc utilisable facilement.

BrainVISA database organization

By default, data in a BrainVISA database are organized in a hierarchical structure with the following directories :

database directory
center : a directory for each center
subject : a directory for each subject
modality : for example t1mri, diffusion, pet...
acquisition : raw data. It is possible to have several acquisition for each subject.
analysis : results of an analysis, for example files generated by brainVISA during the segmentation pipeline

Pourquoi devrais-je utiliser une base de donnée BrainVISA ?

Il n'est pas obligatoire d'utiliser une base de donnée pour traiter ses données avec BrainVISA. Cependant, certaines fonctionnalités importantes ne sont pas accessibles quand vous utilisez des données qui n'ont pas été importées dans une base de données. Par exemple, la possiblité pour BrainVISA de construire automatiquement le nom par défaut des fichiers de sortie quand un fichier d'entrée est sélectionné repose entièrement sur le système de base de données. De plus, certains traitements utilisent les bases de données pour retrouver des données ; par exemple, le visualiseur de masque du cerveau essaye de trouver l'IRM T1 utilisée pour créer le masque afin de superposer les deux images dans une fenêtre Anatomist.

Comment créer ou éditer une base de données BrainVISA ?

Il est possible de créer plusieurs bases de données et de sélectionner celles que l'on souhaite activer. Il suffit d'utiliser la fenêtre d'édition des bases de données accessible par le menu Préférences->Bases de données de la fenêtre principale.

Ontologies and database conversion

Several file organization models exist in BrainVISA: for different applicative toolboxes which organize their data differently, or to handle evolutions of existing organization models.
In the latter case, it is sometimes useful, or required, to change the organization of existing databases to follow the new models.

To handle this, please read the Ontologies and database conversion section in Axon manual.